Trong tháng 10-2019, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an ra quyết định khởi tố bị can, lệnh khám xét, ra lệnh bắt tạm giam 6 bị can, gồm: Dương Tuấn Minh - nguyên tổng giám đốc, Dương Thị Trâm Anh - nguyên phó tổng giám đốc, Nguyễn Thu Trang - nguyên phó phòng đầu tư và quản lý đấu thầu Tổng công ty Cửu Long và Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng, Đinh Thị Chung - cùng là nhân viên Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh. Các bị can Dương Tuấn Minh, Dương Thị Trâm Anh và Nguyễn Thu Trang bị khởi tố về tội "vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí", các bị can Tạ Đức Minh, Phạm Tấn Hoàng, Đinh Thị Chung bị khởi tố về tội "vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo Bộ luật hình sự 2015. Cơ quan điều tra cũng khởi tố 3 bị can, gồm: Đinh Ngọc Hệ - tức "Út trọc", cựu chủ tịch hội đồng quản trị, cựu tổng giám đốc Công ty Thái Sơn; Phạm Văn Diệt - giám đốc điều hành và Vũ Thị Hoan - tổng giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh - về tội "vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo Bộ luật hình sự 2015.[5]

Ngày 14.8.2020, ông Nguyễn Hồng Trường, cựu thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải, bị khởi tố điều tra về tội vi phạm quy định về sử dụng tài sản nhà nước, gây thất thoát lãng phí, theo Điều 219 bộ luật Hình sự 2015. Ngoài ông Nguyễn Hồng Trường, Cơ quan điều tra còn áp dụng biện pháp tố tụng với Nguyễn Chí Thành - quyền vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải và ông Đinh La Thăng, cùng Lê Trung Cường, chuyên viên Bộ GTVT.[5].